Quy trình mới về hoàn thuế GTGT. 

Quy trình mới về hoàn thuế GTGT. 
Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng .
Thông tư này hướng dẫn quy trình hoàn thuế GTGT tại cơ quan Thuế, bao gồm việc phân loại hồ sơ, xác định số thuế được hoàn và ban hành quyết định hoàn thuế.
Theo đó, có đến 07 trường hợp bị phân loại vào diện kiểm tra trước - hoàn thuế sau, cụ thể gồm:
1. Hoàn thuế theo điều ước quốc tế, trừ hồ sơ hoàn thuế của các hãng vận tải nước ngoài.
2. Đề nghị hoàn thuế lần đầu.
3. Đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm, kể từ thời điểm bị xử phạt trốn thuế.
4. Đề nghị hoàn thuế hàng xuất khẩu trong thời hạn 02 năm, kể từ thời điểm bị xử phạt buôn lậu, gian lận thương mại.
5. Đối tượng đề nghị hoàn thuế là doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.
6. Đối tượng đề nghị hoàn thuế thuộc diện rủi ro cao.
7. Hồ sơ hoàn thuế trước - kiểm tra sau nhưng không giải trình, bổ sung tài liệu đúng thời hạn (trong vòng 10 ngày kể từ ngày có yêu cầu).
Đối với nợ thuế phải thực hiện bù trừ vào tiền thuế đề nghị hoàn, ngoài nợ thuế của chính doanh nghiệp thì còn phải bù trừ cả khoản nợ thuế quá hạn 90 ngày của các Chi nhánh hạch toán phụ thuộc
Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 13/8/2016. Thay thế Thông tư số 94/2010/TT-BTC ngày 30/6/2010; Quyết định số 2404/QĐ-BTC ngày 27/9/2012 và Thông tư số 150/2013/TT-BTC ngày 29/10/2013.